肺炎衣原体感染的诊断因其挑剔的性质而具有挑战性病原体、相当大的血清流行率以及短暂感染的可能性无症状运输。已建立的诊断实验室方法包括隔离细胞培养、血清学检测和PCR中的有机体。显微免疫荧光检测（MIF）是当前血清学诊断的“金标准”，但检测仍然缺乏标准化，在技术上具有挑战性。抗体免疫分析是最常用的血清学检测和原发性衣原体感染的特征是2至4周内出现显著的IgM反应，IgG和IgA反应延迟6至8周内。然而，在再感染中，IgG和IgA水平迅速上升，通常在1-2周，但可能很少检测到IgM水平。因此，IgA抗体已证明是原发性、慢性和复发性的可靠免疫标记物感染，尤其是与IgM检测相结合时。
肺炎衣原体IgG/IgM快速检测试剂盒基于定性的原则免疫层析法测定肺炎衣原体IgG/人血清、血浆或全血中的IgM抗体。
StripA包括：1）一个含有肺炎梭菌的紫红色共轭垫与胶体金结合的抗原（肺炎衣原体抗原结合物）
2）含有测试带（T带）和控制带（C频带）。T带预涂有小鼠抗人IgG抗体，C带预涂有山羊抗鼠IgG抗体。
StripB包括：1）一个含有肺炎梭菌的紫红色结合垫与胶体金结合的抗原（肺炎衣原体抗原结合物）
2）含有测试带（T带）和控制带（C频带）。T带预涂有小鼠抗人IgM抗体，C带预涂有山羊抗鼠IgG抗体。
沙眼衣原体快速检测分定性和定量快速检测。流行常用的为金标定性快速检测（胶体金法）。其检测原理为：用抗衣原体脂多糖单克隆抗体和羊抗鼠IgG多克隆抗体分别固定于固相硝酸纤维素膜，并和胶体金标记的另一抗衣原体脂多糖单克隆抗体及其他试剂和原料制成，应用胶体金免疫层析技术，采用双抗体夹心的形式建立的衣原体检测方法，用于女性宫颈和男性尿道中衣原体的检测。
沙眼衣原体（C. trachomatis）是衣原体（chlamydia）的一种，又分为沙眼、性病淋巴肉芽肿和鼠生物变种3个生物变种。
沙眼衣原体生物变种有A～K18个血清型，其中A、B、Ba、C引起沙眼，D～K型引起泌尿生殖道感染。性病淋巴肉芽肿变种可引起性病淋巴肉芽肿。鼠生物变种不引起人的疾病。
